وُلد خضر محمد حبيب في مدينة غزة في التاسع والعشرين من شهر تشرين الثاني/ نوفمبر عام 1957، وهو متزوج وله اثني عشر ولدا. درس المرحلة الأساسية في مدرسة حطين الابتدائية والمدرسة الهاشمية الإعدادية، والمرحلة الثانوية العامة في مدرسة يافا الثانوية، وحصل منها على الثانوية العامة عام 1975، ونال درجة البكالوريوس في إدارة الأعمال من كلية التجارة من جامعة الزقازيق في مصر عام 1980. عمل في قطاع البناء والانشاءات.
انتمى حبيب لحركة فتح عام 1973، والتحق بحركة الجهاد الإسلامي عام 1978، وشارك في تخطيط وتنفيذ فعالياتها الوطنية، وكان مسؤولها في قطاع غزة بين عامي (1980-1981)، ومسؤولها في شرق غزة بين عامي (1987-1990)، وقيادي فيها في قطاع غزة منذ عام 2000، وهو عضو لجنة المصالحة الاجتماعية في قطاع غزة منذ عام 2017، وعضو لجنة المتابعة للحركة في العلاقات الوطنية، وقد شارك في وفود للحركة زارت سوريا وإيران، وشارك في أكثر من مؤتمر مثل مؤتمر الوحدة الإسلامية ومؤتمر القدس المنعقدان في طهران.
يرى حبيب بأنّ اتفاق أوسلو كارثة أخطر من النكبة والنكسة على الشعب الفلسطيني، وهو مرفوض لاعترافه بوجود الاحتلال الإسرائيلي على أغلب أرض فلسطين، ويعتبر أن العلاقات الوطنية هي علاقات جيدة، ولكن هناك تأثير سلبي للانقسام على الشعب الفلسطيني، إذ هنالك فريق يؤيد مشروع المقاومة يقابله فريق يؤيد مشروع التنسيق الأمني مع الاحتلال. ويؤكد على حق الفلسطيني في ممارسة المقاومة بأشكالها، وأرقى أنواع المقاومة، في نظره، هي المقاومة المسلحة؛ لأنها القوة التي يفهمها الاحتلال الصهيوني، ويعتبر أن السلطة اختطفت منظمة التحرير وجعلتها مطية من أجل تمرير مخططاتها وتنفيذ مشاريعها الفاشلة، ويؤكد على سعي حركة الجهاد للانضمام لها، ولكنها تطالب بأن تكون مرجعية لجميع الفصائل وأن يكون هدفها الأساسي تحرير فلسطين وليس التطبيع مع العدو، ويعتقد أنّ القضية الفلسطينية قضية صراع إرادات وروايات، الرواية الصهيونية المدعومة من كل قوى الاستكبار العالمي مقابل الرواية الفلسطينية، مع الثقة بأنّ فلسطين ستتحرر، ولن يكون هناك سلام أو استقرار في المنطقة إلا بزوال الكيان الصهيوني.
يؤمن حبيب أن حل الوحيد للقضية الفلسطينية هو تحرير كامل فلسطين التاريخية من البر إلى البحر، ورجوع اللاجئين إلى ديارهم التي هُجِّروا منها، ويؤمن أيضا بأن القضية الفلسطينية قضية عادلة ومقدسة وستنتصر، لكنَّها تحتاج إلى محامي ماهر، وعلى الفلسطينيين التوحد على برنامج المقاومة في مواجهة المشروع الصهيوني حتى زواله. ويرى أنّ النظام الفلسطيني الحالي أقرب إلى النظام الدكتاتوري، حيث لم يقم بأي استشارة للشعب الفلسطيني في أي أمر يخص القضية الفلسطينية وهو نظام خادم لأجندات غير وطنية، ويعتبر أن الحالة العربية في أسوأ أوضاعها، وتأثيرها سلبي جدا على القضية الفلسطينية وخاصة مع مسار التطبيع الإجرامي من بعض الأنظمة العربية.
عانى حبيب من الاحتلال؛ فقد منعه من الحصول على وظيفة بعد تخرجه، ورفض السماح له بالسفر للخارج رغم حصوله على عقد عمل في الإمارات، واعتقله بين عامي (1990-1993)، وتعرض لمحاولة اغتيال عام 2005 حيث ألقت طائرات الاحتلال صاروخا على سيارته ولكنه لم ينفجر، وتعرض منزله للقصف عام 2014، إضافة إلى أنَّه اعتقل من قبل أجهزة أمن السلطة خمس مرات.
