ولد باجس خليل نخلة في مخيم الجلزون للاجئين الفلسطينيين في محافظة رام الله والبيرة في الخامس عشر من آذار/ مارس عام 1964، لأسرة لاجئة تعود أصولها إلى قرية بيت نبالا المهجَّرة قضاء اللد المحتل، وهو متزوج وله ثلاث أولاد وبنتان.درس المرحلة الأساسية في مدرسة مخيم الجلزون التابعة لوكالة غوث وتشغيل اللاجئين الفلسطينيين (الأونروا)، والمرحلة الثانوية في الثانوية الشرعية في مدينة البيرة، وحصل من الأخيرة على الثانوية العامة في الفرعين الأدبي/ والشرعي عام 1983، والتحق بكلية الشريعة في جامعة القدس. عمل إماما وخطيبا بين عامي (1990-1993)، ومديرا إداريا لنقابة العمال الإسلامية بين عامي (1997-2007).
انتمى لجماعة الإخوان المسلمين عام 1984، ونشط في تنفيذ فعالياتها الدعوية والتربوية والخيرية والاجتماعية، وانتمى لحركة حماس فور تأسيسها، وشارك في تنفيذ فعالياتها الميدانية في محافظة رام الله والبيرة، واهتم بالنشاط النقابي؛ فأصبح عضوا في الهيئة الإدارية لنقابة العمال الإسلامية بين عامي (1997-2007)، وعمل منسقا لكتلة الإصلاح والتغيير لانتخابات المجلس التشريعي في الضفة الغربية في الفترة بين أيلول/ سبتمبر عام 2005 وكانون الثاني/ يناير عام 2006، وكان له دور رئيس في توفير المتطلبات العامة للعملية الانتخابية، بما فيها وضع الدعاية الانتخابية لمحافظات القدس، ورام الله والبيرة، وأريحا، وكان من قيادات الحركة الأسيرة، وعضوا في الهيئة القيادية العليا لأسرى حركة حماس لأكثر من دورة تنظيمية، كما أنَّه قيادي في الحركة في محافظة رام الله والبيرة.
عانى نخلة أثناء حياته؛ إذ اعتقله الاحتلال أول مرة عام 1988، ثم توالت اعتقالاته حتى قضى في سجون الاحتلال ما يزيد عن اثنتين وعشرين سنة، وأبعده الاحتلال إلى مرج الزهور في جنوب لبنان أواخر عام 1992 وبقي هناك مدة عام، واعتقل ولديه لعدة سنوات، واستدعته مخابرات الاحتلال عدة مرات، وفتشت بيته، وهددته بهدم بيته عام 2014، وعزلته في سجونها مرتين كانت الأولى بين عامي (2011-2012)، والثانية عام 2017. وخاض عدة إضرابات عن الطعام أثناء وجوده في الأسر.
